Parafia w Wilczyskach została założona przed 1325 r. gdyż z wykazów świętopietrza z lat 1325-1328 wynika, że już opłacała kwotę 3 groszy na rzecz papiestwa. Parafia była wtedy bardzo obszerna, liczyła ok. 171 km². Pierwszy kościół, drewniany, posiadał 3 ołtarze. Właścicielem Wilczysk był Jan Ciołek. Z kart wizytacji biskupa krakowskiego Filipa Padniewskiego prowadzonej w latach 1565-1571 wynika, że nasza parafia składała się z 20 wsi i prowadziła szkółkę parafialną. Po 1571 r., kiedy właścicielem dóbr został Stanisław Gostomski tutejszy kościół przejęli innowiercy. Powrócił do katolików w 1598r. Został rekoncyliowany przez kardynała krakowskiego Jerzego Radziwiłła, który dodatkowo go uposażył. Świątynia była pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny.
Na początku XVII w. do kościoła wilczyskiego zostają sprowadzone z Rzymu relikwie św. Feliksa - męczennika. W 1648 r. kościół został odrestaurowany i poszerzony dzięki dużemu wsparciu biskupstwa krakowskiego, kolatorki Marianny Ossolińskiej, pani dożywotniej okolicznych dóbr oraz zaangażowaniu proboszcza Walentego Szczerbica i parafian. Do parafii należały wtedy 23 wsie. Potop szwedzki w latach 1655-1656 przyniósł parafii zniszczenia i zarazy, zdziesiątkował i zubożył ludność.
Kościół parafialny stopniowo zaczął popadać w ruinę w XVIII w. Budowy nowego, także drewnianego, podjął się ks. Józef Umiński w 1759 r. Otrzymał on wezwanie św. Feliksa i Adaukta, w nawiązaniu do istniejących relikwii. W 1806 r. wybudowano okazały "dom plebański", a w 1824 r. dzwonnicę, w której wisiały 3 dzwony. W latach 1881- 1888 kościół został gruntownie wyremontowany i rozbudowany przez ks. Juliana Sawickiego.
Został konsekrowany przez biskupa Franciszka Jaczewskiego w 1904 r. Przed nim stała dzwonnica z drzewa sosnowego. Wisiały w niej 4 dzwony, które zrabowali Rosjanie w 1915 r. W 1902 r. przystąpiono do budowy nowego parkanu i bramy cmentarza grzebalnego. W latach międzywojennych przy parafii istniał Związek Katolicki i Bractwa Różańcowe, które posiadały czytelnię i bibliotekę, liczącą blisko 3000 książek. W 1919 r. na cmentarzu wybudowano kaplicę mszalną pod wezwaniem św. Barbary. Podczas działań wojennych we wrześniu 1939 r. spłonęła drewniana plebania, proboszcz Bronisław Gromek podjął się budowy nowej, której poświęcenie odbyło się w 1947 r.
Tragiczny w dziejach parafii okazał się dzień 5.10.1954 r. Zabytkowy, drewniany kościół z XVII w. spłonął doszczętnie po nabożeństwie różańcowym. Wierni stracili świątynię z całym wyposażeniem, w tym 17 drogocennymi obrazami Józefa Buchbindera. W latach 1955 -1964 ksiądz Bronisław Gromek z udziałem parafian wilczyskich i innych chętnych prowadził budowę nowej świątyni. Kierownikiem budowy był Stanisław Wojtyłło. Projekt budowli powstał w Pracowni Marzyńskiego w Warszawie.
Nowowybudowany kościół parafialny pod wezwaniem Niepokalanego Serca Najświętszej Maryi Panny został konsekrowany 26 lipca 1964 r. przez ks. biskupa Ignacego Świrskiego.